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质谱事业部依托高通量、规模化的先进质谱技术，致力于其在蛋白质组学、代谢组学等表型组学领域的科研应用推广，在医学检验领域的临床应用推广，并与基因组学、转录组学形成有效的贯穿和联动，解读生命密码，探索生命奥秘，体验精彩人生。

华大临床质谱聚焦新生儿遗传代谢病检测、微量营养检测、个体化精准用药等方向，提供“预防-筛查-诊断-治疗-监测”精准医学实验室完整解决方案，其中新生儿48种遗传代谢病筛查、维生素全谱、类固醇激素、氨基酸等多项自主研发试剂盒已获的国家Ⅲ类及Ⅱ类注册审批。

华大质谱科服目前可实现蛋白质组、代谢组等多种组学水平的全谱分析、定量分析、靶向分析、修饰分析等，同时结合基因组、转录组等测序组学数据开展贯穿组学分析，业务涵盖医学、农业、食药、药品研究等各大领域。